Microbial Whole Genome Sequencing چیست؟
تعیین توالی کل ژنوم میکروبی یک روش حیاتی برای تعیین توالی کامل ژنوم‌های میکروبی و مقایسه چندین ژنوم مرجع با ژنوم‌های جدید نقشه‌برداری‌شده است. تعیین توالی کامل ژنوم باکتری‌ها، ویروس‌ها یا سایر میکروارگانیسم‌ها برای تولید ژنوم‌های مرجع دقیق، شناسایی میکروبی و انجام مطالعات تطبیقی ژنومی اهمیت زیادی دارد.
در مقایسه با روش‌های سنتی مانند PCR، تعیین توالی کل ژنوم نیازی به مراحل پرزحمت کلونینگ و نقشه‌برداری ندارد؛ بنابراین، این روش از نظر زمان و هزینه بسیار کارآمد است. با این فناوری پیشرفته، امکان تعیین توالی تعداد زیادی از نمونه‌ها، به‌صورت همزمان با استفاده از روش Multiplex-PCR فراهم می‌شود.
کاربردها
● شناسایی تغییرات در ژنوم‌های هدف.
● تفسیر تفاوت‌های صفات در بین موجودات.
● امکان تحقیقات تکاملی گسترده در مقیاس بزرگ.
● مطالعات پیش‌نیاز برای شناسایی گونه‌های جدید.
مزیت‌ها
● تجربه گسترده: اجرای موفق پروژه‌های برجسته در حوزه‌های مختلف از جمله باکتری‌های بیماری‌زا، پروبیوتیک‌ها، باکتری‌های خوراکی، سویه‌های دارویی و صنعتی.
● خدمات حرفه‌ای: از انتخاب مواد و ساخت کتابخانه تا توالییابی و تحلیل داده‌ها، هر مرحله با طراحی علمی و دقیق انجام می‌شود.
● تحلیل جامع: شناسایی SNP ،InDel ،SV و سایر اطلاعات جهشی در ژنوم‌های مرجع سویه‌ها، همراه با بررسی‌های تکمیلی در زمینه تکامل گونه‌ها، ویژگی‌های جمعیتی، فشار انتخابی و تحلیل جامع تغییرات و تفاوت‌ها.
● کنترل کیفیت سختگیرانه: کیفیت بالای داده‌های توالییابی با تایید دقیق نمونه‌ها تضمین می‌شود.
● آماده‌سازی کتابخانه باکیفیت بالا: برای اطمینان از کیفیت داده‌ها، تمام کتابخانه‌ها بر اساس اندازه انتخاب می‌شوند.
ویژگی‌های خدمت
Specifications: DNA Sample Requirements
| Library Type | Sample Type | Amount (Qubit) | Volume | Concentration | Purity (NanoDropTM/ Agarose Gel) |
| Microbial whole genome library (350bp) | Genomic DNA | ≥200 ng | ≥20 μL | ≥10 ng/μL | A260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| Microbial whole genome library (PCR-free 350bp) |
Genomic DNA | ≥1.2 μg | ≥20 μL | ≥10 ng/μL |
Specifications: Sequencing Parameters and Analysis Contents
| Platform Type | Illumina NovaSeq 6000 |
| Read Length | Paired-end 150 bp |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 100x for bacterial genomes |
| ≥ 50x for fungal genomes | |
| Standard Data Analysis |
|
مزیت‌های ما
تمایز در کیفیت و قیمت
دقیق‌ترین و سریع‌ترین سرویس
کارشناسان بین‌المللی
امکانات نوین و فناوری‌های پیشرفته
رویکرد تخصصی
حضور پژوهشگران بیوتکنولوژی
گواهینامه
گواهی اصالت از شرکت Novogene
روند کار
مرحله اول پروژه شامل کنترل کیفیت نمونه‌ها (Sample QC) است تا اطمینان حاصل شود که نمونه‌ها با معیارهای تکنیک توالییابی کل ژنوم میکروبی (Microbial WGS) مطابقت دارند. سپس کتابخانه DNA متناسب تهیه و کیفیت آن بررسی می‌شود (Library QC). در مرحله بعد، از استراتژی توالییابی paired-end با طول 150 جفت باز (bp) برای توالییابی نمونه‌ها استفاده شده و داده‌های تولیدشده از نظر کیفیت کنترل می‌شوند (Data QC) تا از صحت داده‌های نهایی اطمینان حاصل گردد. در نهایت، تحلیل‌های بیوانفورماتیکی انجام و نتایج آماده برای انتشار ارائه می‌شوند.
جزئیات فرایند:
1. آماده‌سازی نمونه شامل تهیه کتابخانه DNA می‌شود که از نظر کیفیت و بازدهی بررسی می‌گردد.
2. DNA ژنومی به قطعاتی با اندازه 350 جفت باز تجزیه می‌گردد و با استفاده از مهره‌های خالص‌سازی نمونه، قطعات موردنظر با دقت انتخاب می‌شوند.
3. قطعات انتخاب‌شده از طریق پولیش انتها (End Polishing)، افزودن A به انتهای مولکول (A-tailing) و اتصال آداپتورهای کامل بهینه‌سازی می‌شوند.
4. از فناوری Illumina PE150 برای توالییابی نمونه استفاده می‌شود.
5. مرحله نهایی شامل تحلیل‌های بیوانفورماتیکی است که به ارائه نتایج نهایی می‌انجامد.
