Whole Transcriptome Sequencing چیست؟
توالی‌یابی کل ترنسکریپتوم (Whole Transcriptome Sequencing) امکان شناسایی و تحلیل تمام انواع RNA (RNAهای کدکننده و غیرکدکننده) یک ارگانیسم خاص را فراهم می‌کند، بدون توجه به این که آیا این RNAها پلی‌آدنیله شده‌اند یا خیر. این روش برای آنالیز بیان تفاضلی و همچنین تحقیقات اکتشافی پیشنهاد می‌شود.
خدمات توالی‌یابی کل ترنسکریپتوم شرکت Novogene، پژوهشگران را با راهکارهای پیشرفته نسل جدید توالی‌یابی (NGS) مجهز می‌کند که آنالیزهای بیوانفورماتیکی عمیقی از تمام RNAها، شامل mRNA و RNAهای غیرکدکننده (مانند lncRNA ،sRNA و circRNA) ارائه می‌دهد. با استفاده از این روش توالی‌یابی دوسویه (Paired-End Sequencing)، می‌توان به‌دقت سطوح ژن و ترنسکریپت را کمی‌سازی کرد، واریانت‌های اسپلایسینگ را شناسایی نمود و ویژگی‌های جدید ترنسکریپتوم را کشف کرد. این رویکرد پیشرفته، مکانیسم‌های احتمالی شبکه‌های تنظیمی و رونویسی را بررسی و تحلیل می‌کند و بینش‌های کلیدی در مورد عملکردهای تعاملی را از دیدگاه جامع ترنسکریپتومی ارائه می‌دهد.
کاربردها
توالی‌یابی کل ترنسکریپتوم در موارد زیر کاربرد دارد:
● پروفایل‌سازی mRNA و ncRNA در یک دور آنالیز.
● کشف المان‌های تنظیمی miRNA و نقش آن‌ها به‌عنوان «اسفنج».
● بررسی شبکه‌های تنظیمی بین lncRNA/circRNA-miRNA-ژن‌ها.
مزیت‌ها
● توالی‌یابی کل ترنسکریپتوم تحلیل جامع‌تری از شبکه‌های تنظیم رونویسی ارائه می‌دهد، در مقایسه با روش‌های مجزا مانند mRNA-seq ،lncRNA-seq ،sRNA-seq و circRNA-seq.
● این روش به پژوهشگران در شناسایی بیومارکرها در طیف گسترده‌ای از ترنسکریپت‌ها کمک می‌کند.
● WTS امکان شناسایی ویژگی‌های شناخته‌شده و جدید را فراهم می‌کند.
● پروفایل‌سازی کل ترنسکریپتوم را در مقیاسی وسیع و پویا ممکن می‌سازد.
ویژگی‌های خدمت
Specifications: RNA Sample Requirements
| Library Type | Sample Type | Amount | RNA Integrity Number (Agilent 2100) |
Purity (NanoDrop) |
| lncRNA Library & small RNA Library | Total RNA | ≥ 2.5 μg | Animal ≥ 7.5, Plant ≥ 7, with smooth baseline | A260/280 = 1.8-2.2; A260/230 ≥ 1.8; |
| lncRNA library & small RNA library & circRNA library | ≥ 4.5 μg |
Specifications: Sequencing and Analysis
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq 6000 Sequencing System |
| Read length | Paired-end 150bp for lncRNA/circRNA library
Single-end 50bp for small RNA library |
| Recommended Data Amount | ≥ 40 million read pairs per sample (lncRNA library); 10-20 million reads per sample (small RNA library); |
| Content of Data Analysis |
|
مزیت‌های ما
تمایز در کیفیت و قیمت
دقیق‌ترین و سریع‌ترین سرویس
کارشناسان بین‌المللی
امکانات نوین و فناوری‌های پیشرفته
رویکرد تخصصی
حضور پژوهشگران بیوتکنولوژی
گواهینامه
گواهی اصالت از شرکت Novogene
روند کار
اولین گام در گردش کار پروژه شامل کنترل کیفیت نمونه‌ها (Sample QC) است تا اطمینان حاصل شود که نمونه‌های شما معیارهای مورد نیاز تکنیک RNA-Seq را برآورده می‌کنند. سپس، کتابخانه مناسب بر اساس ارگانیسم هدف آماده و کیفیت آن بررسی می‌شود (کنترل کیفیت کتابخانه، Library QC). در گام بعدی، از استراتژی توالی‌یابی دوسویه 150 جفت باز (Paired-End 150 bp) برای توالی‌یابی کتابخانه lncRNA و circRNA استفاده و برای توالی‌یابی کتابخانه RNA کوچک (small RNA) از توالی‌یابی یک‌سویه 50 جفت باز (Single-End 50 bp) بهره گرفته می‌شود. داده‌های حاصل تحت کنترل کیفیت داده‌ها (Data QC) قرار می‌گیرند تا از کیفیت داده‌های تولید شده اطمینان حاصل شود. در نهایت، آنالیزهای بیوانفورماتیکی انجام و نتایج ارائه می‌گردد. نمودار جریان زیر، پروتکل گام‌به‌گام این فرایند را توصیف می‌کند.
