Metatranscriptome Sequencing چیست؟
متاترنسکریپتومیکس (Metatranscriptome Sequencing) به مطالعه عملکرد مجموعه‌ای از ترنسکریپت‌های نمونه‌های محیطی در یک زمان خاص از طریق توالی‌یابی RNA اشاره دارد. این روش درباره ژن‌های بیان شده در یک محیط میکروبی خاص، اطلاعات ارائه می‌دهد.
توالی‌یابی متاترنسکریپتوم، پروفایل کامل بیان ژن را با توالی‌یابی تصادفی mRNAها ارائه داده و پویایی الگوهای بیان ژن در جوامع میکروبی را در طول زمان، با استفاده از فناوری توالی‌یابی نسل جدید (NGS) ردیابی می‌کند. این روش درک ما از ساختار، عملکرد و مکانیسم‌های تطبیقی جوامع پیچیده را بهبود می‌بخشد.
کاربردها
● توالی‌یابی متاترنسکریپتوم به شناسایی باکتری‌های فعال از نظر عملکردی و تعاملات متابولیک جوامع در پژوهش‌های اکولوژی میکروبی کمک می‌کند.
● این تکنیک در پژوهش‌های بالینی، با شناسایی پاسخ‌های ایمنی و فرایندهای تحریک بیماری‌های خودایمنی، استفاده می‌شود.
● توالی‌یابی متاترنسکریپتوم دریچه‌ای نو به‌سوی شناسایی منابع نوآورانه در سامانه‌های انتقال دارو می‌گشاید؛ منابعی که به دلیل چالش‌های فنی در جداسازی میکروبی، تاکنون به‌سختی قابل دسترسی بوده‌اند.
● تکنیک‌های متاترنسکریپتومیکس به بهبود کیفیت غذا کمک کرده و داده‌هایی در مورد رفتارهای متابولیک جوامع میکروبی ارائه می‌دهند.
مزیت‌ها
● پروفایل کردن ترنسکریپتوم جوامع طبیعی، بدون نیاز به جداسازی و کشت میکروب‌ها.
● شناسایی ژن‌های جدید و تشخیص تغییرات در جوامع پیچیده میکروبی در سطح ترنسکریپت.
ویژگی‌های خدمت
Specifications: RNA Sample Requirements
| Library Type | Sample Type | Amount | RNA Integrity Number (Agilent 2100) |
Purity （NanoDrop) |
|---|---|---|---|---|
| Meta-transcriptome Library | Total RNA | ≥ 1 μg | ≥ 6.5, smooth base line | A260/280 ≥ 2.0;
A260/230 ≥ 2.0; |
Specifications: Sequencing and Analysis
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq 6000 Sequencing System |
|---|---|
| Read length | Paired-end 150bp |
| Recommended Data Amount | ≥ 20 million read pairs per sample |
| Content of Data Analysis |
|
مزیت‌های ما
تمایز در کیفیت و قیمت
دقیق‌ترین و سریع‌ترین سرویس
کارشناسان بین‌المللی
امکانات نوین و فناوری‌های پیشرفته
رویکرد تخصصی
حضور پژوهشگران بیوتکنولوژی
گواهینامه
گواهی اصالت از شرکت Novogene
روند کار
اولین مرحله از روند پروژه شامل کنترل کیفیت نمونه‌ها (Sample QC) است تا اطمینان حاصل شود که نمونه‌ها معیارهای تکنیک RNA-Seq را دارند. سپس کتابخانه مناسب طبق ارگانیسم هدف آماده شده و کیفیت آن آزمایش می‌شود (Library QC). در مرحله بعد، استراتژی توالی‌یابی جفتی 150 جفت باز برای توالی‌یابی نمونه‌ها استفاده شده و داده‌های حاصل از آن تحت کنترل کیفیت داده‌ها (Data QC) قرار می‌گیرد تا از کیفیت داده‌های نهایی اطمینان حاصل گردد. در نهایت، تحلیل‌های بیوانفورماتیکی انجام شده و نتایج آماده انتشار ارائه می‌شود. نمودار زیر پروتکل گام به گام را توضیح می‌دهد.
