Visium FFPE Spatial Transcriptome

فناوری Visium Spatial Gene Expression برای نمونه‌های فرمالین‌فیکس و پارافین‌ محفوظ‌ شده (FFPE)، محدودیت‌های گذشته در تحلیل فضایی بیان ژن در برش‌های بافتی را پشت سر گذاشته و امکان استخراج اطلاعات ارزشمند از آرشیوهای بافتی را فراهم می‌سازد. این فناوری با ادغام دقت بافت‌شناسی و توان عملیاتی بالای RNA sequencing، ابزاری نوین برای ارتقای روش‌های سنتی پاتولوژی مولکولی ارائه می‌دهد. کاربران می‌توانند بیان RNA را در کل سطح برش‌های بافتی با وضوح بالا نقشه‌برداری کرده و تحلیل دقیقی از بیش از 18,000 ژن در نمونه‌های انسانی و موش به‌دست آورند — درک فضایی از الگوهای بیان ژن که پیش‌تر دست‌نیافتنی بود.

نسل جدید این فناوری با عنوان Visium HD مرزهای تحلیل ترانسکریپتوم فضایی را گسترش می‌دهد. با وضوحی در حد تک‌سلولی، پوشش کامل سطح بافت و بهره‌گیری از شیمی مبتنی بر پروب به همراه گردش‌کار پیشرفته Visium CytAssist، این پلتفرم امکان تولید داده‌هایی با کیفیت ممتاز و قدرت تفکیک بالا را فراهم کرده و چشم‌اندازهای جدیدی را در کشف سازوکارهای زیستی در بافت‌های پیچیده فراهم می‌سازد.

کاربردها

● پژوهش‌های سرطان: ارائه نقشه‌های جامع سلولی از برش‌های تومور FFPE، شامل داده‌های مقایسه‌ای با استفاده از Visium HD و Visium v2 در بافت‌های سالم مجاور، برای درک ناهمگنی تومورها و مکانیزم‌های گریز ایمنی.

● علوم اعصاب: ایجاد نقشه‌های با وضوح بالا از بیان ژن در مغز برای درک سازمان‌دهی فضایی انواع مختلف نورون‌ها و سلول‌های گلیال.

● ایمنی‌شناسی: با نقشه‌برداری از توزیع فضایی سلول‌های ایمنی در بافت‌ها، محققان می‌توانند تعاملات سلول‌های ایمنی، مهاجرت و نقش آن‌ها در پاسخ‌های ایمنی را بررسی کنند.

دانلود بروشور - Visium FFPE Spatial Transcriptome

ویژگی‌های خدمت

Sample Requirements

Sample Type	Sample Amount	Preservation	Sample QC	Shipping
FFPE block (recommended)	1 block, FFPE block must be contained in a plastic dehydrating box, otherwise, it could not be installed on the sectioning device	After embedding store at 4°C, protected from light	DV200% ≥ 30%	4°C or Room Temperature
FFPE slide	5-10 FFPE (10μm thickness) scrolls in tube for sample QC 2-4 FFPE (5μm thickness) tissue sections on glass slides, for library prep*	Dry and sealed, storage time at 4°C < 14 days	DV200% ≥ 30%	4°C or Room Temperature

* FFPE glass slides must be positive charged glass slides.

Specifications: Sequencing and Analysis

	Visium CytAssist (V2)	Visium HD
Species	Human or mouse	Human or mouse
Resolution	55 um	2 um (single cell level)
Sequencing platform	Novaseq6000 or NovaSeq X plus	Novaseq6000 or NovaSeq X plus
Read length	PE150	PE150
Recommended Data Amount	25,000 read pairs/ tissue-covered spot~ 50 Gb/sample	Coverage Area x 275,000,000 read pairs~ 100 Gb/sample
Analysis	Data QC Mapping and Quantification Dimensionality Reduction, Clustering, and Differential analysis: Graphclust clustering K-means clustering Seurat Analysis: PCA analysis Spatial variable gene expression analysis Clustering and dimensionality reduction analysis Differential Expression Gene Analysis (DEG) DEGs clustering heatmap Spatial distribution of DEGs Violine plot t-SNE and UMAP dimensional reduction visualization Functional Enrichment Analysis: GO enrichment KEGG enrichment Reactome enrichment