16S/18S/ITS Amplicon Metagenomic Sequencing
توالی‌یابی متاژنومیک آمپلیکونی (Amplicon Metagenomic Sequencing) 16S/18S/ITS یک روش توالی‌یابی DNA است که بر نواحی خاص (Amplicon) برای تحلیل عمیق تمرکز دارد. در این روش، نواحی هایپر متغیر کوتاه (<500 جفت باز) از ژن‌های حفاظت‌شده یا نواحی بین‌ژنی با استفاده از PCR تکثیر شده و سپس توسط توالی‌یابی نسل جدید (NGS) تحلیل می‌شوند. این روش، شناسایی و تفکیک گونه‌های میکروبی مختلف را در نمونه‌های پیچیده امکان‌پذیر می‌کند.
این تکنیک به‌طور خاص ناحیه ژن ریبوزومی 16S (rRNA) برای باکتری‌ها و آرکی‌ها، ژن 18S rRNA برای یوکاریوت‌ها و نواحی Spacer داخلی (ITS) را برای قارچ‌ها (شامل مخمرها، کپک‌ها و دیگر گونه‌های مرتبط) هدف قرار می‌دهد. این فرایند، تحلیل جامع فیلوژنتیک و طبقه‌بندی را فراهم می‌کند.
خدمات توالی‌یابی متاژنومیک آمپلیکونی Novogene، روش مقرون‌به‌صرفه‌ای را در مقایسه با توالی‌یابی متاژنومیک Shotgun ارائه می‌دهد که برای غربالگری ارگانیسم‌های هدف و بررسی تنوع جوامع میکروبی پیچیده مفید است. این روش به‌طور گسترده در مطالعات بوم‌شناسی میکروبی، تحلیل فیلوژنتیک گروه‌های میکروبی خاص، شناسایی گونه‌ها در کشت‌های خالص و شناسایی ارگانیسم‌های مورد نظر (اعم از بیماری‌زا یا مفید) کاربرد دارد.
کاربردها
توالی‌یابی متاژنومیک آمپلیکونی یک روش قدرتمند برای کشف طیف کامل میکروارگانیسم‌ها در نمونه‌های مختلف است. این تکنیک به‌ویژه برای موارد زیر بسیار موثر است:
● هدف‌گذاری و شناسایی ارگانیسم‌های خاص مورد نظر در جمعیت‌های میکروبی پیچیده.
● حاشیه‌نویسی و طبقه‌بندی طیف وسیعی از میکروارگانیسم‌ها و ارائه یک نمایه جامع از جوامع میکروبی.
● تمایز بین باکتری‌ها و آرکی‌ها (16S) و سایر یوکاریوت‌ها مانند قارچ‌ها یا پروتیست‌ها (ITS/18S) برای تحلیل دقیق طبقه‌بندی.
● شناسایی پاتوژن‌ها، آلودگی‌های میکروبی، باکتری‌های مفید خاک و دیگر میکروارگانیسم‌های مرتبط.
● تحلیل مایعات فیزیولوژیکی یا نمونه‌های بافتی برای کمک به تشخیص بیماری‌ها و سرطان‌ها.
مزیت‌ها
● Novogene با بهره‌گیری از تجربه گسترده در پروژه‌های توالی‌یابی آمپلیکونی و توسعه پیشرفته‌ترین پایپ‌لاین‌ها، از فناوری‌های توالی‌یابی کوتاه‌خوان و بلند‌خوان (توالی‌یابی آمپلیکونی تمام‌طول 16S) برای متاژنومیک آمپلیکونی استفاده می‌کند.
● خدمات ما انعطاف‌پذیری بی‌نظیری در طراحی آزمایش فراهم می‌کند، از جمله طراحی پرایمرهای سفارشی و پشتیبانی از تحلیل‌های جامع. این تحلیل‌ها شامل خوشه‌بندی به OTUs (واحدهای طبقه‌بندی عملیاتی) با استفاده از پایپ‌لاین Qiime1 یا حذف نویز و تبدیل به ASVs (تنوع‌های توالی آمپلیکونی) از طریق DADA2 در پایپ‌لاین Qiime 2 هستند.
● علاوه بر این، راه‌حل‌های متناسب با نیازهای خاص تحقیقاتی را با تحلیل‌ها و پایگاه‌های داده سفارشی از طریق هر دو پایپ‌لاین Qiime 1 و Qiime 2 ارائه می‌دهیم و اطمینان حاصل می‌کنیم که نتایج دقیقاً با الزامات پژوهش شما همخوانی دارند.
ویژگی‌های خدمت
Primers applied to Amplicon Metagenomic Sequencing
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) |
V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT |
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC |
Specifications: DNA Sample Requirements
| Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
| Total DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
Specifications: Sequencing and Analysis
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq 6000 | |
| Sequencing Strategy | NovaSeq Reagent (500 Cycles) | |
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | |
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis |
|
| Advanced Analysis |
|
|
مزیت‌های ما
تمایز در کیفیت و قیمت
دقیق‌ترین و سریع‌ترین سرویس
کارشناسان بین‌المللی
امکانات نوین و فناوری‌های پیشرفته
رویکرد تخصصی
حضور پژوهشگران بیوتکنولوژی
گواهینامه
گواهی اصالت از شرکت Novogene
روند کار
Novogene محصولات با کیفیت بالا و خدمات تخصصی را در تمام مراحل روند پروژه ارائه می‌دهد. هر مرحله با دقت، طراحی و اجرا می‌شود تا استانداردهای علمی دقیق رعایت شده و نتایج تحقیقاتی برجسته حاصل گردد. برای تضمین دقت و قابلیت اعتماد داده‌های توالی‌یابی، اقدامات کنترل کیفیت (QC) دقیق در هر مرحله از فرایند اعمال می‌شود. روند کاری شامل مراحل اصلی مانند آماده‌سازی و اندازه‌گیری نمونه، قطعه‌قطعه کردن و تهیه کتابخانه، کنترل کیفیت کتابخانه، توالی‌یابی و تحلیل‌های بیوانفورماتیکی است.
