Microbial De novo Sequencing چیست؟
توالی‌یابی De novo این امکان را فراهم می‌سازد که ژنوم یک گونه، بدون نیاز به اطلاعات پیشین یا ژنوم مرجع، به‌صورت مستقل و دقیق توالی‌یابی شود. در این فرایند، داده‌های خام حاصل از توالی‌یابی با بهره‌گیری از الگوریتم‌های پیشرفته بیوانفورماتیکی، به‌صورت هدفمند مونتاژ می‌شوند تا تصویر کاملی از ساختار ژنومی آن گونه به‌دست آید. این روش به‌ویژه برای گونه‌هایی که تاکنون به‌خوبی مطالعه نشده‌اند، بسیار کاربردی است؛ چراکه با تولید یک مرجع ژنومی اولیه، زمینه را برای انجام پژوهش‌های گسترده‌تر فراهم می‌کند.
در حوزه میکروبیولوژی، توالی‌یابی De novo دریچه‌ای نو به درک ساختار و عملکرد ژنتیکی موجودات میکروسکوپی می‌گشاید. این فناوری، امکان مطالعه خاستگاه‌های تکاملی جمعیت‌های میکروبی و بررسی تنوع ژنتیکی آن‌ها را فراهم کرده و بستر مناسبی برای توسعه کاربردهای نوآورانه در پزشکی، کشاورزی، بیماری‌شناسی و حفاظت از محیط زیست فراهم می‌آورد.
شرکت Novogene با تکیه بر پیشرفته‌ترین پلتفرم‌های توالی‌یابی PacBio و Illumina، خدمات جامع و حرفه‌ای در زمینه توالی‌یابی De novo ارائه می‌دهد. این خدمات شامل مراحل مختلفی نظیر بررسی اولیه ژنوم، تهیه نقشه پیش‌نویس، مونتاژ کامل و پالایش نهایی داده‌ها است. تیم تخصصی ما با طراحی استراتژی‌های بهینه و ترکیبی از خوانش‌های بلند و کوتاه، اطمینان حاصل می‌کند که نتایج نهایی از دقت و جامعیت بالایی برخوردار باشند و به نیازهای خاص هر پروژه پاسخ دهند.
ویژگی‌های خدمت
Specifications: DNA Sample Requirements
| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
| Illumina
NovaSeq 6000 |
Genomic DNA | ≥ 200 ng | A260/280=1.8-2.0 no degradation, no contamination |
| PacBio Sequel II DNA CLR library |
HMW Genomic DNA (Bacteria and Fungus) |
≥ 2 μg (Concentration ≥ 70 ng/μL) |
A260/280=1.7-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 Fragments should be ≥ 20 kb |
| PacBio sequel II/IIe DNA HiFi library |
HMW Genomic DNA (Fungus) |
≥ 8 μg (Concentration ≥ 70 ng/μL) |
A260/280=1.7-2.0; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=1.0-2.2 Fragments should be ≥ 20 kb |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA (Bacteria and Fungus) |
≥ 6 μg (Concentration ≥ 60 ng/μL) |
A260/280=1.7-2.2; A260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00 Fragments should be ≥ 20 kb |
* NC/QC: NanoDrop concentration/Qubit concentration
Specifications: Sequencing and Analysis
| Platform Type | Illumina NovaSeq | PacBio Sequel II/IIe System | |
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb, long read lengths up to 25 kb（CCS） | |
| Recommended Sequencing Depth | ≥ 50x for bacterial and fungal genomes | ≥ 100X for bacterial genomes ≥ 50X for fungal genomes | |
| Data Analysis |
|
Repeat annotation Coding gene annotation ncRNA annotation
GO annotation, KEGG annotation, COG annotation NR annotation, TCDB annotation Pfam annotation Swiss-Prot annotation
|
Repeat annotation Coding gene annotation ncRNA annotation
GO annotation, KEGG annotation, NR annotation, KOG annotation Pfam annotation Swiss-Prot annotation. |
مزیت‌های ما
تمایز در کیفیت و قیمت
دقیق‌ترین و سریع‌ترین سرویس
کارشناسان بین‌المللی
امکانات نوین و فناوری‌های پیشرفته
رویکرد تخصصی
حضور پژوهشگران بیوتکنولوژی
گواهینامه
گواهی اصالت از شرکت Novogene
روند کار
اولین مرحله از فرایند کاری پروژه، کنترل کیفیت نمونه (Sample QC) است که تضمین می‌کند نمونه‌های شما با معیارهای توالی‌یابی De novo میکروبی مطابقت داشته باشند. در مرحله بعد، بر اساس ارگانیسم هدف و کاربرد مورد نظر، کتابخانه مناسبی آماده شده و کیفیت آن نیز بررسی می‌شود (Library QC). سپس نمونه، توالی‌یابی شده و داده‌های حاصل از آن نیز تحت کنترل کیفیت قرار می‌گیرند (Data QC). در نهایت، تحلیل‌های بیوانفورماتیک انجام شده و نتایجی آماده برای انتشار ارائه می‌شوند.
