De novo Sequencing چیست؟
De novo Sequencing یک روش نوآورانه تعیین توالی است که به محققان کمک می‌کند تا بدون استفاده از یک الگوی مرجع (ژنوم مرجع)، توالی DNA یا RNA یک موجود یا نمونه جدید را شبیه‌سازی کنند. در این روش، توالی‌یابی از ابتدا (de novo) انجام می‌شود و در نتیجه، یک نقشه توالی جدید ایجاد می‌گردد که برای موجودات یا ژنوم‌هایی بدون اطلاعات مرجع، بسیار ارزشمند است.
مراحل De novo Sequencing
استخراج DNA یا RNA
در این مرحله، DNA یا RNA از نمونه زیستی (مانند سلول، بافت یا خون) با استفاده از روش‌های استاندارد آزمایشگاهی استخراج و خالص‌سازی می‌شود تا برای مراحل بعدی توالی‌یابی آماده گردد. این فرایند شامل حذف ناخالصی‌ها و آلاینده‌هایی مانند پروتئین‌ها و سایر مولکول‌های غیرضروری است تا ماده ژنتیکی با کیفیت و غلظت مناسب به دست آید.
تقسیم‌بندی DNA
در این مرحله، DNA استخراج‌شده به قطعات کوچک‌تر تقسیم می‌شود تا برای توالی‌یابی مناسب باشد. این تقسیم‌بندی معمولاً با استفاده از روش‌هایی مانند سونیکاسیون (امواج صوتی) یا برش آنزیمی انجام می‌شود. هدف از این کار، ایجاد قطعاتی با طول استاندارد است که برای توالی‌یابی‌های مختلف قابل استفاده باشد و داده‌های دقیق‌تری تولید کند.
ساخت کتابخانه
در این مرحله، قطعات کوچک DNA تولید شده به یک کتابخانه توالی‌یابی تبدیل می‌شوند. این فرایند شامل افزودن آداپتورها (Adaptor Sequences) به دو انتهای قطعات DNA است. آداپتورها توالی‌های کوتاهی هستند که برای تقویت (Amplification)، شناسایی و اتصال قطعات DNA به سطح دستگاه توالی‌یابی استفاده می‌شوند.
تعیین توالی
در این مرحله، قطعات DNA موجود در کتابخانه با استفاده از فناوری‌های پیشرفته توالی‌یابی مانند Illumina، PacBio یا Oxford Nanopore خوانده می‌شوند. این فناوری‌ها توالی نوکلئوتیدی هر قطعه را به صورت دقیق ثبت می‌کنند و داده‌های خام ژنتیکی را تولید می‌کنند. بسته به فناوری مورد استفاده، این مرحله می‌تواند با سرعت و عمق متفاوتی انجام شود و داده‌هایی با دقت و پوشش بالا ارائه دهد.
ادغام توالی‌ها
حالا قطعات کوچک DNA که توالی‌یابی شده‌اند با استفاده از الگوریتم‌های پیشرفته بیوانفورماتیکی به یکدیگر متصل می‌شوند تا توالی‌های بزرگ‌تری مانند contig و scaffold ایجاد شود. این فرایند شامل شناسایی نواحی همپوشان در قطعات و مرتب‌سازی آن‌ها به گونه‌ای است که ساختار دقیق و پیوسته ژنوم بازسازی شود. مرحله ادغام، پایه‌ای برای ایجاد یک توالی کامل از ژنوم بوده و نیازمند دقت و صحت بالای داده‌های توالی‌یابی است.
تحلیل داده‌ها
در نهایت، توالی‌های بازسازی‌شده برای شناسایی و تفسیر ویژگی‌های ژنوم مورد بررسی قرار می‌گیرند. این تحلیل شامل شناسایی ژن‌ها، نواحی تنظیمی، واریانت‌های ژنتیکی و بررسی ساختارهای پیچیده ژنومی است. با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی پیشرفته، داده‌های خام توالی‌یابی پردازش و به اطلاعات معناداری تبدیل می‌شوند که در زمینه‌های مختلفی مانند شناسایی بیماری‌ها، تکامل زیستی و زیست‌فناوری به کار می‌روند.
انواع خدمات De novo Sequencing
لطفاً نوع خدمت مورد نظر خود را در زیر انتخاب نمایید.
پلتفرم Sequencing
PACBIO REVIO PLATFORM
● Revio با توان عملیاتی بالا و سهولت استفاده، قابلیت‌های خوانش طولانی، دقت بی‌نظیر و تشخیص مستقیم متیلاسیون و عملکردی ممتاز را ارائه می‌دهد.
● سیستم Revio توان عملیاتی را تا 15 برابر بیشتر از سیستم Sequel II افزایش می‌دهد.
● دقت استثنایی با 90% از بازها با کیفیت ≥Q30 و دقت متوسط خوانش ≥Q30
ILLUMINA NOVASEQ PLATFORM
NovaSeq 6000
● امکان توالی‌یابی 64 ژنوم انسانی (با سایز 90GB) و تولید حداکثر 6Tb داده در هر اجرا در بازه زمانی کمتر از 40 ساعت.
● 850G داده خام در هر لاین، 3.4T داده خام در هر فلوسل و طول خوانش 150 جفت باز.
PACBIO SEQUEL II/IIE PLATFORM
● توانایی تولید خوانش‌های طولانی‌تر با عملکرد بالا.
● با دسترسی مستقیم به خوانش‌های HiFi، پلتفرم PacBio Sequel IIe زمان پردازش در تحلیل داده‌ها را کاهش می‌دهد و حتی تا ~90% نیاز به ذخیره‌سازی داده را کم می‌کند.
● با معرفی 10 دستگاه PacBio Sequel IIe Novogene ظرفیت توالی‌یابی با خوانش طولانی در سطح جهان را به‌طور قابل‌توجهی افزایش داده است.
NANOPORE PromethION
● فناوری Oxford Nanopore توالی‌یابی DNA یا RNA را به صورت لحظه‌ای، با خوانش طولانی، مستقیم و در مقیاس بزرگ ارائه می‌دهد.
● سیستم PromethION با استفاده از پروتئین‌های خوانشگر Nanopore که در یک غشای مقاوم الکتریکی تعبیه شده‌اند، DNA یا RNA را توالی‌یابی می‌کند.
● خوانش‌های بسیار طولانی به‌راحتی مناطق تکراری در ژنوم‌های پیچیده را پوشش و دقت گردآوری ژنوم (Genome Assembly) را افزایش می‌دهند.
مزیت‌های ما
تمایز در کیفیت و قیمت
دقیق‌ترین و سریع‌ترین سرویس
کارشناسان بین‌المللی
امکانات نوین و فناوری‌های پیشرفته
رویکرد تخصصی
حضور پژوهشگران بیوتکنولوژی
گواهینامه‌ها
گواهی اصالت از شرکت Novogene
